Selain peranannya dalam kesusasteraan Azerbaijan dan nasionalisme Iran, Akhundzadeh juga terkenal dengan kritikan kerasnya terhadap agama (terutamanya Islam) dan kekal sebagai ateis Azerbaijan yang paling ikonik.[21] Perpustakaan Negara Azerbaijan dan Teater Opera dan Balet Akademik Negeri Azerbaijan, serta beberapa jalan, taman dan perpustakaan, juga dinamakan sempena Akhundzade di Azerbaijan. Sebuah muzium kebudayaan di Tbilisi, Georgia yang memberi tumpuan kepada hubungan budaya Georgia-Azerbaijani juga dinamakan sempena namanya.

Punik, sebuah bandar di Armenia juga dinamakan sebagai penghormatan kepada Akhundzade sehingga baru-baru ini. TURKSOY menganjurkan majlis pecah tanah untuk mengisytiharkan 2012 sebagai tahun Mirza Fatali Akhundzade.